エージェント経由の準委任・SES案件、毎月のお金の流れ｜稼働報告・精算・支払通知書・入金・会計ソフトへの登録【ひとり法人の実務】

エージェント経由の準委任・SES案件は、毎月「稼働を報告する → 金額が確定する → 請求書（または支払通知書）→ 入金 → 会計ソフトに登録」という同じ流れを繰り返します。会社員の給与と違って、自分で報告しないと金額が決まらず、入金は1〜2か月後。この「お金の流れ」を最初に押さえておくと、独立直後の資金繰りと毎月の事務がぐっと楽になります。

この記事では、エージェント経由の案件の毎月の流れを5つのステップに分け、支払サイトの例、請求書をエージェント側が発行する「支払通知書（仕入明細書）」方式、ひとり法人での会計ソフトへの登録、フリーランス法で決まっている支払期日までを、独立後にエージェント経由の案件で働いている私の実例つきで整理します。

ゴウ

私の今の案件は、エージェントのシステムで毎月の稼働を報告すると、精算幅で金額が確定し、請求書はエージェント側で発行されます。自分で請求書を作ることはなく、やるのは確定した売上をfreeeに登録することだけ。締めは月末、支払いは翌月末です。

毎月の流れは5ステップ

①稼働を報告する（月末締め）

準委任は稼働した時間に対して報酬を払う契約なので、毎月の稼働時間の報告がすべての起点です。エージェントの勤怠システムに日々の稼働を入力する形、月末に勤務表（作業報告書）を提出する形などがあります。記録の単位（15分・30分など）と提出期限は契約や現場のルールで決まっています。

ゴウ

私の案件は、依頼はチケットで受けて毎日ミーティングがあり、会話の内容もチケットに記録しています。稼働の工数もシステムで毎月報告していて、上限を超えた月はその報告をもとに割増分を計算してもらいました。工数を正確に記録して期限までに出すことが、お金の面ではいちばん大事な仕事です。

②精算幅で金額が確定する

報告した稼働時間を精算幅（例：140〜180時間）に当てはめて、範囲内なら月額どおり、超えた分は超過単価、足りない分は控除単価で精算します。上下割・中割の計算方法は精算幅とは？上下割・中割の計算方法にまとめました。確定した金額（税抜）に消費税を乗せたものが、その月の請求額です。

③請求書を出す？ エージェントが発行する？

ここがエージェント経由ならではのポイントです。自分で請求書を作ってエージェントに送る形のほかに、エージェント側が金額を確定して「支払通知書」や「仕入明細書」を発行し、受注側はそれを確認するだけという形があります（レバテックは企業向けの案内で「作業報告書と請求書をレバテックが作成」と説明しています）。

出典：国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」問86・問88（令和6年4月改訂版）、freee「仕入明細書とは」。仕入明細書の発行は法律上の義務ではなく、取引先との取り決めによります。

支払通知書方式では、「連絡しなければ確認したことになる」のが普通です。届いたら稼働時間・単価・超過や控除の計算・自分の登録番号を必ず見て、違っていたらすぐ連絡します。売り手側で書類を修正することはできないので、エージェントに直してもらう形になります。

出典：国税庁 インボイスQ&A 問86（仕入明細書等による保存と相手方への確認方法）、同 問88、freee「仕入明細書とは」

ゴウ

私の場合は請求書をエージェント側が発行してくれるので、自分で請求書を作ったことはありません。副業時代の小さな案件では自分で請求書を出していたので、独立してからのほうが請求まわりの事務は減りました。その代わり、届いた金額が報告した工数と合っているかは毎月見ています。

④入金：支払サイトは15日〜40日

締め日から入金日までの期間を支払サイトと言います。エージェントによって違い、公式に明記しているところもあれば、案件ごとに違うところもあります。

出典：レバテックフリーランス「支払いサイトは？」、Midworks公式「Midworksとは」（2026年10月確認）。ほかのエージェントは公式で確認できなかったため載せていません。入金の着金時刻は銀行で異なります。

独立直後は、初めての入金まで最長2か月分の生活費と会社の支払い（社会保険料・役員報酬）が先に出ていくことになります。独立前にどれくらい用意したかは独立の貯金はいくら必要？に書きました。

ゴウ

私の案件は月末締め・翌月末払いです。独立したのは9月末で、10月開始の案件の最初の入金は11月末。その間は、会社員のうちに5月から法人に入れていた副業の売上でまかなえました。

⑤会計ソフトに登録する（ひとり法人の場合）

法人は発生した月の売上として計上し、入金はあとから消し込みます。freeeなら月末に「売掛金」の取引を登録し、入金があったら口座の明細と突き合わせて消し込むだけです。決算をまたぐ月（9月決算なら9月分の売上が11月に入金）も、9月の売上に入れます。

出典：freee「振込手数料が差し引かれて入金された場合の消込」、マネーフォワード「売掛金の仕訳」。法人が受け取るエンジニア報酬には所得税の源泉徴収は原則ありません（国税庁タックスアンサーNo.2792。内国法人への支払いで源泉徴収の対象になるのは馬主の賞金のみ）。

ゴウ

freeeへの登録は毎月自分でやって、税理士に確認してもらっています。振込手数料はこちら負担で、月1,000円もかからない程度。売上が止まった月は独立してから一度もなく、毎月この流れを繰り返しているだけです。

フリーランス法で決まっている「支払期日」と「条件の明示」

2024年11月1日に施行されたフリーランス法（特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律）は、従業員を使わないひとり法人も対象です（代表者以外に役員がいないことが条件）。発注側（エージェントや直接の取引先）には次の義務があります。

配偶者を役員にしている会社は「代表者以外に役員がいる」ので対象外になる点に注意してください。家族を役員にするか従業員にするかの違いは家族は役員にする？従業員にする？で書いています。

出典：公正取引委員会 フリーランス法特設サイト、同 Q&A（Q2・Q3・Q18・Q48・Q49）

よくある質問

まとめ

エージェント経由の準委任案件は、毎月「報告 → 確定 → 書類 → 入金 → 登録」の繰り返しです。会社員の給与との違いは、自分の報告が起点になることと入金が1〜2か月後になること。この2つを最初に押さえておけば、あとは同じ作業を毎月回すだけです。

ゴウ

副業から合同会社を設立して4年目のひとり社長／エンジニア

XContact

本業を持ちながら副業（口コミサイトと受託開発）を12年育て、本業と並行して合同会社を設立。その後、法人に一本化しました。いまはSESを本業に、自社Webサービスと口コミサイトを運営しています。立ち上げ前に自分が不安だったこと・迷ったことを、実際にどうだったかと一緒に書いています。