9月決算のひとり合同会社の決算スケジュール｜9月30日の期末から11月30日の申告、翌期の役員報酬・年末調整・中間申告まで

9月決算の会社は、10月1日に新しい期が始まるのと同時に、前の期の決算を11月30日までに仕上げることになります。しかも12月には役員報酬の改定期限と年末調整、1月には給与まわりの提出物が続きます。この記事では、9月30日の期末から翌年9月までに「いつ・何をするか」を、ひとり合同会社の目線で1本のカレンダーにまとめます。

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私の会社も9月決算です。会社員を辞めた日が9月末で、SESの案件が10月から始まったので、期の区切りをそこに合わせました。決算は税理士にお願いしています。領収書や請求書は毎月freeeに自分で登録して税理士に確認してもらい、3か月に1回の顧問面談でアドバイスと今後の予定を確認しています。決算書は例年11月下旬に受け取ります。

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1期目は決算の手続きが全部初めてで、正直なところ税理士に言われるがまま対応しました。だからこそ、最初に全体のカレンダーを知っておくと安心だと思い、この記事にまとめました。

全体像：9月決算のひとり合同会社の1年

1月31日が期限の3つ（法定調書・給与支払報告書・償却資産）は、2027年は1月31日が日曜日なので翌2月1日（月）になる見込みです。地方税の期限は自治体の案内で確認してください。

期末（9月30日）までに決めておくこと

決算は期末が過ぎてから始まるものと思われがちですが、期末の日が期限になっている手続きがいくつかあります。2026年9月期の分はもう過ぎているので、次の期末（2027年9月30日）に向けたメモとして読んでください。

妻に給与を払っている場合の考え方は「ひとり合同会社で妻（家族）に給料を出す」にまとめています。

10月：期末の数字を締めて、税理士に渡す

10月は、期末時点の数字を確定させる月です。税理士に頼んでいても、帳簿のもとになる情報を揃えるのは社長の仕事です。ひとり合同会社なら、次の表のものが揃っていればほぼ足ります。

私は領収書や請求書を毎月freeeに自分で登録して、税理士に確認してもらっています。月々の登録を溜めないでおけば、10月の作業はかなり軽くなると思います。

経費にしてよいものの線引きは「ひとり合同会社の経費はどこまで落ちる？」、税理士に何を任せるかは「税理士に何を頼み、何を自分でやるか」を参考にしてください。

11月30日（月）：申告と納付の期限

9月決算の会社は、期末の翌日から2か月以内＝11月30日が、国税と地方税の申告・納付の期限です。2026年は11月30日が月曜日なので、そのまま11月30日が期限です。

申告期限の延長特例は合同会社でも使える？

法人税には、定款などで「決算の確定は期末から3か月以内」といった定めがあり、2か月以内に決算が確定しない常況にある会社が申請すると、申告期限が1か月延びる特例があります。消費税も、法人税の延長を受けている会社が届出をすれば1か月延びます。

合同会社には株式会社のような定時株主総会がないため、定款に「計算書類は期末から3か月以内に社員の同意で確定する」といった定めを置いて申請する、というのが専門家の一般的な説明です。ただし国税庁の資料に合同会社についての明記はないので、使うかどうかは顧問税理士に確認してください。申請の期限は適用したい期の期末までで、法人事業税は別に都道府県への申請が必要です。

合同会社の決算は「総会」も「決算公告」も要らない

社員が自分1人だけなら、計算書類の内容を確認した日を「確定した日」として記録しておく形で十分です。実務では「計算書類確定書」のような1枚の書面を作って、決算書と一緒に保存しておくことが多いようです。合同会社と株式会社の違い全体は「合同会社と株式会社どっちにする？」で比べています。

12月31日まで：新しい期の役員報酬を決める

役員報酬を毎月同じ額で払って経費にする「定期同額給与」は、期首から3か月以内なら金額を変えられます。10月1日に期が始まる会社は12月31日までが期限です。決算の数字が出る11月に、新しい期の役員報酬もあわせて決めるのが自然な流れです。

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私は役員報酬を、会社員を辞める前は月15万円、辞めたあと、2期目の初め（2023年10月支給分）からは月60万円にしました。金額はいつも税理士と試算しながら決めていて、毎年の見直しも決算書を受け取る11月ごろに相談しています。

12月〜翌2月：年末調整と1月の提出物

ひとり合同会社でも、自分（代表社員）や家族に給与を払っていれば、会社として年末調整をして、1月に提出物を出します。給与の支払人員が10人未満なら、源泉所得税は「納期の特例」で年2回にまとめて払えます。

2027年1月以降は、市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署への源泉徴収票の提出があったものとみなされる仕組みに変わります（国税庁の案内）。

5月31日（月）：中間申告（前の期の税額が一定以上なら）

2期目以降、利益が出て税額が増えてくると、期の途中にも税金を前払いする「中間申告」が始まります。9月決算の会社は、期首から6か月が過ぎた3月31日の翌日から2か月以内＝5月31日が期限です。

前の期の税額の半分を払う「予定申告」なら、届いた予定申告の情報に従って納付するだけです。ただし前の期をe-Taxで申告した法人には、法人税の予定申告書・納付書は郵送されず、e-Taxのメッセージボックスに格納されます（2024年5月以降。消費税の中間申告書兼納付書は引き続き送付）。税理士に申告を頼んでいる会社は、税理士からの連絡が「中間納付が来た」の合図になります。3期分の決算の流れは「副業から合同会社を作って3期分の決算」で紹介しています。

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私の会社に中間納付の通知が初めて来たのは2026年（設立4年目）でした。1期目は赤字、2期目は繰越欠損で法人税が少なかったので、3期目の税額をもとにした予定申告が4期目に初めて届いた形です。金額は前の期の税額の半分が目安なので、決算の申告書を受け取ったときに「来年5月にこの半分が出ていく」と法人口座の残高に見込んでおくと慌てません。納付はほかの税金と同じく、税理士から届いた納付情報でペイジー払いです。

2026年10月からの期で変わること

ほかの制度の変更は「2026年10月〜2027年に変わるひとり社長のお金の制度まとめ」にまとめています。

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私はインボイスに登録して、2割特例を使ったあと、今は簡易課税にしています。どれにするかは、税理士が数字を出して決めてくれました。

決算を任せられる税理士がまだいない人へ

9月決算で今から税理士を探す場合、11月30日までの時間はあまり長くありません。決算だけを単発で引き受ける事務所もありますが、来期の役員報酬や中間申告まで相談できる顧問契約のほうが、ひとり社長には安心です。探し方と相場は「ひとり合同会社の税理士はどう探す？」で詳しく書いています。

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私は税理士ドットコムで候補を比較し、最終的には知人の紹介で契約しました。顧問料は月2万円弱で、決算と申告、役員報酬の試算までお願いしています。

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まとめ

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副業から合同会社を設立して4年目のひとり社長／エンジニア

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本業を持ちながら副業（口コミサイトと受託開発）を12年育て、本業と並行して合同会社を設立。その後、法人に一本化しました。いまはSESを本業に、自社Webサービスと口コミサイトを運営しています。立ち上げ前に自分が不安だったこと・迷ったことを、実際にどうだったかと一緒に書いています。