ひとり社長の源泉所得税｜納期の特例で年2回（7/10・1/20）にする方法、納付書の書き方、e-Tax・ペイジー納付の手順と「0円でも提出」【2026年版】

ひとり社長になると、自分の役員報酬から所得税を天引きして、会社として国に納める仕事が毎月ついてきます。これが源泉所得税の納付です。期限は原則「翌月10日」。ただし給与を払う人が常時10人未満の会社は、納期の特例を申請すると年2回（7月10日・1月20日）にまとめられます。

この記事では、源泉所得税の仕組み、役員報酬15万円・60万円のときの税額の目安、納期の特例の申請方法と「いつから適用されるか」、新設法人に納付書が届く仕組み、所得税徴収高計算書（納付書）の各欄の意味、e-Taxでの5つの納付方法とペイジー納付の手順、遅れたときのペナルティまで、設立4年目の私の運用（税理士が申告→自分でペイジー納付）を交えて整理します。

ゴウ

私は毎月納付です。徴収高計算書の作成とe-Taxでの送信は顧問税理士にお願いしていて、送信後に届く納付情報をもとに、自分のネットバンキングからペイジーで払うのが毎月の仕事。納期の特例は使っていません。妻への給料（月85,000円）は税額が0円なので、実際に納めているのは自分の役員報酬分だけです。

まず結論：ひとり社長の源泉所得税は「毎月」か「年2回」の二択

出典：国税庁 タックスアンサー No.2505「源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例」

源泉所得税の仕組みをひとり社長向けに整理

役員報酬から天引きして、会社が納める

会社員のときは会社が勝手にやってくれていた「給料からの所得税の天引き」を、今度は自分の会社がやります。役員報酬も給与所得なので、支払うときに所得税（復興特別所得税を含む）を源泉徴収し、会社が国に納めます。天引きした税額は源泉徴収税額表（月額表）で決まり、「社会保険料控除後の金額」と「扶養親族等の数」で引きます。

税額はいくら？ 役員報酬15万円・60万円の目安

令和8年分 源泉徴収税額表（月額表）甲欄で引いた目安。社会保険料の本人負担は協会けんぽ（東京）と厚生年金の料率で試算した概算で、年齢（介護保険料）や都道府県で数千円ずれます。出典：国税庁 令和8年分 源泉徴収税額表（月額表）

会社員のまま役員報酬をもらっている間は「乙欄」

本業の会社に扶養控除等申告書を出している人は、自分の会社では申告書を出せないので乙欄で源泉徴収します。乙欄は甲欄より高く引かれ、確定申告で精算する形です。私も会社員時代の月15万円は乙欄でした（会社員のまま役員報酬をもらう人の確定申告、二以上事業所勤務届）。

納期の特例で年2回にする方法

条件と対象

出典：タックスアンサー No.2505、国税庁「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請」

「いつから適用？」を国税庁の例で図解

毎月納付 vs 納期の特例

ゴウ

私が特例を使っていないのは、税理士が毎月送信してくれるので自分の手間が増えないのと、毎月払うほうが法人口座の残高の見通しが立てやすいからです。自分で計算書を作るなら、年2回にまとめたほうが楽だと思います。

1月20日は年末調整の精算と重なる

特例を使うと、1月20日の納付には7〜12月分の税額に加えて年末調整の不足額・超過額の精算が入ります。同じ1月には法定調書合計表・給与支払報告書（2月1日）・償却資産申告もあり、ひとり社長の1月はもともと事務が多い月です（ひとり社長の年末調整と1月の提出物、年末にやることチェックリスト）。

新設法人に「納付書」が届く仕組み

出典：国税庁 タックスアンサー No.2110「給与支払事務所等の開設届出書」、国税庁「源泉徴収のしかた 令和8年版」第14節

所得税徴収高計算書（納付書）の書き方

紙でもe-Taxでも項目は同じです。納期の特例の承認を受けている会社は「納期特例分」、それ以外は「一般分」の様式を使います。

出典：国税庁「源泉徴収のしかた 令和8年版」第14節 所得税徴収高計算書の記載

税額が0円でも提出する

役員報酬を低く設定していて源泉徴収税額が0円の月でも、「納付する税額がない場合であっても、所得税徴収高計算書を所轄の税務署に提出する必要があります」と国税庁の案内に明記されています。紙なら税額0円で提出、e-Taxなら「納付税額0円」のデータを送信します。出さないと「納付がない」と「提出がない」の区別がつかず、税務署から問い合わせが来ることがあります。

出典：国税庁「源泉徴収のしかた 令和8年版」第14節、タックスアンサー No.2110

e-Taxでの納付方法5つの比較

出典：国税庁「国税の納付手続」、同「クレジットカード納付の手続」、同「コンビニ納付（QRコード）」

ペイジー納付の手順（税理士が送信→自分で払う場合）

ゴウ

私の毎月のルーティンはこれだけです。税理士から「送信しました」の連絡と納付情報が届いたら、法人口座のネットバンキングでペイジーの番号を入れて払う。5分で終わります。送信しただけでは納付したことにならないので、期限を過ぎないように連絡が来たらその日に払うようにしています。

出典：e-Tax「インターネットバンキング等による電子納税」、e-Tax よくある質問「税理士が代理送信した場合の電子納税」

納付が遅れたらどうなる？

不納付加算税は国税通則法67条・119条4項、「税法を知らなかった・誤解していた」は正当な理由に当たらない（国税庁 法令解釈通達）。出典：国税庁「延滞税の割合」

よくある質問

まとめ

源泉所得税は、ひとり社長になった瞬間から毎月ついてくる小さな仕事です。毎月10日に納めるか、納期の特例で7月10日・1月20日の年2回にまとめるか。どちらでも税額が0円の月も計算書は提出すること、送信しただけでは納付にならないこと、この2つだけ押さえておけば大きな失敗はありません。

ゴウ

副業から合同会社を設立して4年目のひとり社長／エンジニア

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本業を持ちながら副業（口コミサイトと受託開発）を12年育て、本業と並行して合同会社を設立。その後、法人に一本化しました。いまはSESを本業に、自社Webサービスと口コミサイトを運営しています。立ち上げ前に自分が不安だったこと・迷ったことを、実際にどうだったかと一緒に書いています。